بنیادگرایی برخلاف مبناگرایی، قادر به ساختن بنا نیست. بنیادگرایی اگر بنایی هم بسازد یا سست است یا اینکه مطابق نیاز زمان و مکان نیست. بنیادگرایی ملاحظاتی، چون خواست و نیاز ساکنان یک بنا را در نظر نمی‌گیرد، در حالی که مبناگرایی آن هم در خوانش امام خمینی (ره)، نگاه معماری، ظریف و دقیق به نیاز محیطی، فردی و جمعی دارد. افزون بر این برتری بنایی و سازه‌ای، مبناگرایی متکی بر سیستم استدلالی و عقل‌گرایانه است، در حالی که بنیادگرایی استدلال‌ستیز و عقل‌گریز است.
با این مقدمه، در ادامه کتاب شیخ نعیم قاسم در خصوص امام راحل (کتابی تحت عنوان مبناگرایی و نواندیشی در راه و روش امام خمینی) قابل فهم‌تر و ارزشمندتر می‌شود. شیخ نعیم قاسم در کتاب «اندیشه بر انگیزش» در خصوص امام خمینی (ره)، بر مبناگرایی امام راحل در عین نواندیش‌بودن ایشان دست می‌گذارد و آن را می‌کاود.
به عبارت دیگر، به خوبی نشان داده است امام حکیم هم پایبند به اصول ثابت اسلام بود و هم بر مبنای همین اصول ثابت، خلاقیتی مخصوص خود داشت. هر چند تاریخ فقه شیعه و مکتب قم، تاریخ اجتهاد و مدیریت بنای امور جدید بر بنیاد اصول قدیم بوده، اما امام راحل، با تدقیق و تعمیق نظریه ولایت فقیه، قله این تناسب و تعادل بوده است. کتاب شیخ نعیم قاسم (مبناگرایی و نواندیشی در راه و روش امام خمینی) و درایت او در تمرکز بر مهم‌ترین کلید فهم اندیشه امام، نشان می‌دهد شیخ مقاومت، مقامی اندیشگی و نگاهی عمیق به اسلام سیاسی و منظومه امام راحل دارد. قابل اشاره است که به مبناگرایی به عنوان دستگاه فلسفی و منطقی امام راحل نیز باید توجه داشت. در مقایسه با «انسجام‌گرایی» و سایر نگاه‌ها، مبناگرایی، یقینی‌تر و مبتنی بر اصول ثابت‌تر است. برای نمونه، به انسجام‌گرایی این انتقاد وارد است که یک داستان ضمن دروغ‌بودن و بی‌بهره‌بودن از صدق، می‌تواند منسجم باشد.
