مؤسسان مدارس غیرانتفاعی، اغلب با وضع خودسرانه قوانین، تصمیمات را به نفع اهداف سازمانی خویش تعریف میکنند و برخی از این نوع مدارس، بدون توجه به ارکان تخصیص یک مدرسه شکل گرفتهاند. همین تعریفها، ضمن تعارض منافع، سببساز تبعیض در نظام تعلیم و تربیتی کشور میشود، به طوری که غفلتها، کاستیها و برخی قصور مدیریتی، جایگاه معلم در مدارس غیرانتفاعی را تنزل داده و آموزگار را به عنوان فردی که آموزش میدهد و هویت و پایگاهی ویژه در جامعه دارد، به تعبیری از ماهیت خالی کرده و به همین علت، معلمان مدارس غیر انتفاعی، به ناچار و اجبار برای تأمین هزینههای زندگی روزمرهشان تلاش میکنند. همواره معلمان این نوع مدارس، به دنبال هویت از دست رفتهشان هستند و هر چه سعی در حفظ هویت شأن دارند، به همان اندازه، پاسخگوی حداقل نیازهای مالی در زندگیشان نیستند و همه این مصائب، آموزگاران مدارس غیرانتفاعی را تلخکام کرده است. نگاه کاسبکارانه مدیران این مدارس نسبت به اجحاف حقوق آموزگاران، نیازمند نگاه تیز و نظارت دقیق سازمان بازرسی کشور است.
نهادینه شدن تبعیض در نظام آموزشی غیرانتفاعی، باعث پایمال شدن حقوق معلمان در این مدارس شده و در عمل، رسالت آموزش و پرورش زیر سؤال رفته و نظام تربیتی را مختل کرده است. در عصر کنونی، مدارس، جایگزین خانواده شده تا اخلاق، وجدان و آگاهی جمعی را تقویت کند، در حالیکه در سیستم آموزشی غیرانتفاعی کشور، توجه و تمرکز بر حقوق معلمان کم اهمیت شده و به طور وسیع در این نظام آموزشی، نقض غرض اتفاق افتاده و حال و روز آموزگاران مدارس غیرانتفاعی مصداق ضربالمثل معروف «روی من ببین و حال من مپرس» شدهاست.
نادیده گرفتن حقوق معلمان مدارس غیرانتفاعی ازسوی مؤسسان و مدیران، با اجرا و اعمال ناصواب قانون، با حقوق بسیار پایینی که به آموزگاران این مدارس پرداخت میکنند، با تورم موجود در جامعه همخوانی ندارد و این افراد یا به طور کل فاقد بیمه یا از بیمههای هفت تا ۱۵ روز در ماه برخوردار هستند که باید بخشی از حق بیمه را از حقوق دریافتی نامنظم خود پرداخت کنند. انعقاد قراردادهای سفید، موقت و مبهم، رابطه کارگری و کارفرمایی بین مؤسسان مدارس غیرانتفاعی، با آموزگاران را برقرار کرده و این نوع قراردادهای ناپایدار، از دیگر مشکلات معلمان مدارس غیرانتفاعی است. آموزگاران در مدارس غیرانتفاعی در اغلب موارد با سپردن چک و سفته ضمانتی، در شرایطی سخت، با قراردادهای موقت و حقالتدریسی جذب و مشغول به کار میشوند و این نوع نگاه تبعیضآمیز با عدم دریافت عیدی، پاداش و نداشتن سنوات شغلی، سبب اجحاف در حقوق این قشر بیپناه در نظام آموزشی کشور شدهاست. تضاد شهریه دریافتی از دانشآموزان و حقوق پرداختی به معلمان در این مدارس قابلتوجیه نیست.
قانون گذار با تعیین قوانین خاص برای مراکز آموزشی کشور و رسیدگی به تخلفات در نظام آموزشی مدارس غیرانتفاعی و برخورد با هر نوع تخلف به استناد مواد قانونی، برای هرگونه تخلفات در مدارس غیردولتی، شورای نظارت مرکزی در وزارت آموزش و پرورش را تأسیس کرده که علاوه بر رسیدگی، میتواند مجازاتی را در رابطه با تخلفات مدارس غیرانتفاعی صادر کند و مرجع صدور مجوز و لغو مجوز مدارس غیردولتی، وزارت آموزش و پرورش است. طبق ماده ۳۵ قانون تأسیس مدارس غیردولتی در صورت تخلف از موارد مندرج در این قانون و سایر مقررات ابلاغ شده، به وزارت آموزش و پرورش اجازه داده شدهاست، چنانچه مدرسهای به هر طریق مرتکب تخلف شدهباشد با آن برخورد کند و حتی نوع برخوردها نیز در این قانون پیشبینی شدهاست. رسیدگی به تخلفات اداری کارکنان مدارس و مراکز غیرانتفاعی، در هیئتهای رسیدگی به تخلفات است و مواد ۱۵، ۱۶، ۱۸، ۳۳ و ۳۴ قانون تأسیس و اداره مدارس و مراکز آموزش و پرورش غیردولتی پیشبینی شده و ضرورت دارد وزارت آموزش و پرورش در رسیدگی به تخلفات اداری این مدارس شفافسازی کند و منافع مالی برخی مدیران را فدای حقوق آموزگاران این مدارس نکند.