شخصيت كاريزماتيك ايشان در كنار همدلي و اتحاد مردم نقش فراواني در پيشبرد نظامي اسلامي داشت و نمونه بارز آن را در تاريخ هشت ساله جنگ به خوبي ديديم. عشق به امام و لبيك به فرمان او، در وجود تك تك رزمندگان موج مي‌زد و با مروري بر وصيت‌نامه بسياري از شهيدان اين ارادت قلبي را به خوبي مشاهده مي‌كنيم.
اما حضرت امام در كنار رهبري معنوي‌شان كه باعث قوت قلب و بالارفتن روحيه رزمندگان مي‌شد در چند مورد شخصاً وارد عمل مي‌شوند و به نيروهاي مسلح فرمان مي‌دهند. امام خميني در طول جنگ تحميلي همواره از نيروهاي مسلح حمايت و تقدير مي‌كردند و در صحبت‌هاي‌شان در طول جنگ اين موضوع را به خوبي مي‌بينيم. در اين خصوص به چهار فرمان مهم و مستقيم حضرت امام به فرماندهان و رزمندگان حاضر در جبهه‌هاي جنگ اشاره مي‌كنيم.
اولين فرمان را حضرت امام در آزادسازي شهر پاوه صادر مي‌كنند. شهيد چمران مي‌گويد: «صبح روز 27/5/1358 در بالاي ديوار سپاه (پاوه) ايستاده بودم و به شهر مي‌نگريستم، گلوله از هر دو طرف همچنان مي‌باريد. يك باره فرياد الله‌اكبر پاسداران به هوا بلند شد. پرسيدم مگر چه شده است گفتند امام خميني اعلاميه‌اي صادر كرده است.»
اعلاميه‌اي كه اساس بزرگ‌ترين تحولات انقلابي كشور ما به شمار مي‌رود. اعلاميه‌اي كه سرنوشت كردستان و ايران را دگرگون مي‌كند. امام خميني در آن مقطع حساس فرماندهي قوا را به دست مي‌گيرد و فرمان مي‌دهد كه ارتش و ژاندارمري بايد در عرض 24 ساعت خود را به پاوه رسانده و ضد انقلاب را از شهر بيرون كنند. به دولت هم دستور مي‌دهد وسايل حركت پاسداران را فراهم كند و در صورتي كه تخلف از اين دستور صورت گيرد با متخلفان برخورد انقلابي خواهد كرد. پيام امام استراتژي صحنه نبرد را تغيير مي‌دهد. روحيه نيروهاي خودي را چندبرابر مي‌كند و شهر پاوه از ساعت 6 بعداز ظهر 27 مرداد 58 با كمك سپاهيان و نيروهاي كمكي كه با چند هليكوپتر وارد اين شهر شده بودند آزاد مي‌شود و با سردادن بانگ الله‌اكبر يكي از به يادماندني‌ترين روزهاي پاوه به نمايش درمي‌آيد.
دومين فرمان در حمله سوسنگرد در 25/8/59 صادر مي‌شود. در آن هنگام كه سوسنگرد در محاصره عراقي‌ها بود حضرت امام دستور قاطعي مي‌دهند و مي‌فرمايند سوسنگرد بايد تا فردا آزاد شود. حماسه آزادسازي سوسنگرد كه با فرمان امام خميني و حضور پررنگ حضرت آيت‌الله خامنه‌اي كه در كنار شهيد مصطفي چمران نمايندگي حضرت امام در شوراي عالي دفاع را بر عهده داشتند، به يكي از كم‌نظيرترين پيروزي‌هاي نيروهاي رزمنده آن‌هم در آن روزهاي نااميدي تبديل گرديد. همچنين فرماندهي فقيد لشكر92 زرهي اهواز هم با تمام وجود اين فرمان را اجرا كرد. او برخلاف ميل و اراده بني‌صدر كه سمت فرماندهي كل قوا را به عهده داشت، دستور داد فرمان امام زودتر انجام شود و به ياري خدا به بهترين شكل اين عمليات انجام و با كمترين تلفات محاصره سوسنگرد شكسته شد. بني‌صدر هم در پاسخ به اين عمل جاي اينكه به فردي كه رشادت به خرج داده بود و منطقه مهمي را آزاد كرده مدال شجاعت و افتخار بدهد او را از كار بركنار و خانه‌نشين كرد. البته بعدها آيت‌الله خامنه‌اي اين فرمانده شجاع را به كار مي‌گيرد و درجه‌اش را به او مي‌دهد.
فرمان تاريخي حضرت امام در شكستن حصر آبادان يكي ديگر از فرمان‌هاي مهم ايشان در طول جنگ است. آبادان در هشتم آبان سال 1359 يعني زماني كه 39 روز از حمله رژيم بعث عراق به ايران مي‌گذشت، با تلاش نيروهاي بعثي براي تصرف اين شهر روبه‌رو شد. درست زماني كه حدود يك هفته از تلاش نيروهاي بعثي براي تصرف آبادان مي‌گذشت، حضرت امام خميني(ره) خطاب به نيروهاي مسلح فرمودند كه حصر آبادان بايد شكسته شود. پيرو فرمان امام راحل، طرح‌هاي مشترك سپاه پاسداران انقلاب اسلامي و ارتش جمهوري اسلامي ايران براي شكستن حصر آبادان شكل گرفت و پس از گذشت چندين ماه بالاخره در پنجم مهر 1360 آغاز شد.
امام خميني بار چهارم در تيرماه 67 با توجه به پيشروي‌هاي قريب‌الوقوع عراقي‌ها در روزهاي پاياني جنگ، به سپاه فرمان مي‌دهند با تمام وجود بايد از منافع كشورمان حمايت كنيد و دستور مي‌دهند بايد با تمام وجود در راه نظام و انقلاب حركت كنيد. با اين پيام دوباره نيروهاي نظامي در راه حفظ انقلاب و تماميت ارضي كشور متحد و يكدل مي‌شوند و اجازه نمي‌دهند در طول هشت سال وجبي از خاك ايران به تصرف دشمن درآيد.
