فضاي حاكم بر دانشگاه آزاد كه سال‌هاست باعث رنجش بسياري از منتقدان شده بود، اين بار واكنش سيدحسن خميني را به همراه داشت؛ واكنشي كه بازتاب فراواني در سطح رسانه‌ها به همراه داشت.
وي در اختتاميه همايش معاونان و مديران فرهنگي واحدهاي دانشگاه آزاد سراسر كشور كه در پژوهشكده امام خميني و انقلاب اسلامي برگزار شد، ضمن انتقاد از برخي اقدامات صورت گرفته در اين دانشگاه، در عبارتي قابل تأمل اظهار مي‌كند: « فضاي تملق و رئيس و مرئوسي در دانشگاه آزاد زياد است.»
بيان اين جملات از سوي سيدحسن خميني ناخودآگاه بسياري از اذهان را به ياد اقدامي بحث‌برانگيز در اسفندماه سال 92 در مراسم شصت و‌هشتمين اجلاس شوراي مركزي دانشگاه آزاد اسلامي جلب مي‌كند.
در آن نشست يكي از حاضران سرشناس به صف ابتدايي مدعوين مراجعه مي‌كند؛ جايي كه آقاي سيد حسن خميني در كنار آقاي هاشمي و جاسبي نشسته و در مقابل تعجب و شگفت حضار بوسه بر دست هاشمي مي‌زند تا ماه‌ها نقل محافل رسانه‌اي و دانشگاهي شود.
عضو هيئت امناي دانشگاه آزاد در حالي از چاپلوسي ريشه دوانده در دانشگاه آزاد انتقاد مي‌كند كه اسناد مستند و متقني دال بر تخلفات گسترده مسئولان سابق اين دانشگاه همچنان افكار عمومي را در انتظار نگه داشته كه برخورد با متهمان در اين مجموعه چه زماني عملي خواهد شد.
سيدحسن خميني در ادامه سخنان خود در اين همايش درباره مواضع حضرت امام در برابر متحجرين، بيان مي‌كند: مراقب باشيم به اسم دين به سمت تحجر نرويم.
در حالي مطرود دانستن ارتجاع و جمود از سوي سيدحسن خميني قابل دفاع و ستايش است كه جامعه انتظار دارد وي نگاه‌هاي خاص حضرت امام به جريان ليبرال و هواخواه غرب در داخل را هم مورد ارزيابي و واكاواي قرار دهد؛ جرياني كه در طول سال‌هاي پس از رحلت حضرت امام آسيب‌هاي فراواني را متوجه نظام كرده و هزينه‌هاي هنگفتي را به كشور تحميل كرده است.
علاوه بر آن بايد مصاديق جريان هواخواه ليبراليسم در داخل هم روشن شوند؛ افرادي نظير حسين مرعشي و غلامحسين كرباسچي كه تأكيد مي‌كنند افتخارشان اين است كه افكار ليبرالي دارند.
به هر روي بد نيست جمله معروف حضرت امام كه فرموده بودند: «تا من هستم نخواهم گذاشت حكومت به دست ليبرال‌ها بيفتد» را هم تبيين كرد و از خطرات جريان مورد اشاره براي انقلاب و نظام گفت؛ جرياني كه اتفاقاً بخشي از مديريت دانشگاه آزاد مورد انتقاد آقاي سيدحسن خميني را هم در دست دارد.
من خود سند مفاسد و دزدی های دانشگاه آزاد از اسلام و مسلمین واحد ن...هستم و تنها کاری که از دستم بر می آید لعنت کردن ه. و همین ح. است. 
