علي مطهري در نامهاي به رئيسجمهور، نسبت به عدم اجراي برخي اصول قانون اساسي به حسن روحاني تذكر داد. علي مطهري كه رفع حصر سران فتنه 88 را بهانه نوشتن نامه سرگشاده به رئيسجمهور كرده است، متهمان فتنه 88 را در حد «منتقد» تنزل داده كه به فتواي او(!) ادامه حصر آنها غيرقانوني، غيرشرعي و غيراخلاقي است!
به گزارش جوان، مطهري بدون اينكه اسمي از مرحوم منتظري به ميان بياورد در ادامه نامه خود ادعا كرده است: « اصولاً اين يك سنت غلط در جمهوري اسلامي بوده است كه منتقدان خوشسابقه در انقلاب را كه احياناً اتهامي متوجه آنها بوده است، به جاي رسيدگي به اتهامشان در حصر قرار دادهايم، بدون آنكه ضرورتي داشته باشد. گويي انتقاد و اعتراض را به معني خروج از نظام تلقي كردهايم، حال آنكه كسي ميتواند انتقادهاي اساسي به نظام داشته باشد و زندگي عادياش را بكند، آنچنان كه سيره اميرالمؤمنين علي عليهالسلام بود. آن پيشواي بزرگ مادام كه خوارج دست به سلاح نبردند آنها را از حقوق اجتماعيشان محروم نكرد و خود ميفرمود از من در خفا و آشكار انتقاد كنيد.»
مطهري البته هيچ اشارهاي به اين موضوع نكرده كه خونهايي كه در جريان فتنه 88 بر زمين ريخته شد با هدايت و سازماندهي چه كسي بوده است!؟ علي مطهري در نامه خود با طرح اين ادعا كه قرائن نشان ميدهد كه به هر دليلي ارادهاي براي محاكمه متهمان فتنه ۸۸ وجود ندارد، فتنه ۸۸ در ايران را با هولوكاست در اروپا و امريكا مقايسه كرده است كه كسي حق تحليل متفاوت و تحقيق درباره ريشهها و عوامل گوناگون آن را ندارد. اين نماينده در بخش پاياني نامه خود رئيسجمهور را تهديد كرده زمينه آزادي از حصر سران فتنه را فراهم سازد در غير اين صورت اگر همچنان مسامحه نمايد اين قضيه در قالب سؤال از رئيسجمهور در مجلس پيگيري و البته برخي سؤالات فرهنگي نيز اضافه خواهد شد.