یکی از ویژگی‌های اساسی روش فلسفی امام، جدایی‌ناپذیری آن از فقه و عرفان است. ایشان مطالعه فلسفه را بی‌هدف غایی، خود حجاب شناخت می‌دانند. سرگرمی به الفاظ فلسفی و مسیری که فلاسفه غرب پیموده و متهم به بی‌فایدگی در عمل برای جامعه خود شدند به تعبیر ایشان «باعث بدبختی و بیچارگی» است و موجب انحراف می‌شود. در مکتب فکری ایشان فلسفه در کنار فقه و عرفان می‌توانند ابزار‌هایی برای پیاده‌سازی اسلام در مشی فردی و اجتماعی باشند. شاید یکی از دلایل گرایش ویژه ایشان به فلسفه ملاصدرا، همین تلفیق میان قرآن، برهان و عرفان است که در حکمت متعالیه به چشم می‌خورد.
امام را بی‌شک و بنا به اظهار خودشان می‌توان از علاقه‌مندان به فلسفه صدرایی و عرفان ابن عربی دانست؛ حتی در تدریس اسفار نیز به رویکرد عرفانی آن التفاتی ویژه داشتند. جالب است برخی شاگردان حاضر در تدریس فلسفه ایشان نیز علت علاقه به ملاصدرا را همین می‌دانند، حال آن که ایشان اصلاً نسبت به ابن‌سینا و فلسفه مشاء چنین رغبتی نداشتند و جایی نیز می‌گویند فلسفه مشاء ابن سینا در کتاب شفا، مأخذ یونانی دارد.
ایشان در مباحث فلسفی قرآن، برهان و شهود را در عین توجه به تمایزاتشان توأمان به کار گرفتند. حتی قرآن کریم را نه فقط بستری برای پرورش فقاهت بلکه زمینه‌ای برای تربیت عرفا و فلاسفه می‌دانند و می‌گویند: «قرآن اعجوبه‌ای است که اداره انسان را به همه اقشار می‌کند. در عین حالی که فقیه درست می‌کند، حکیم درست می‌کند، فیلسوف درست می‌کند.»
در تقریرات فلسفی ایشان کاملاً می‌توان این رویکرد را ملاحظه کرد. برای مثال ایشان در تبیین عالم مثال، به ضرورت وجود کشف و آگاهی برای فهم حقیقت وحدت وجود اشاره می‌نمایند: «اگر انسان با این چشم کثرت‌بین طبیعت از روزنه طبیعی عالم کثرت‌نمای طبیعت را تماشا کند، مشرک گشته و غیر حق، کثیر را می‌بیند ولی اگر این چشم را بسته و چشم دیگری گشوده و از این طبیعت پرواز نموده و نور بصر نفس را رو به عالم بالا گرداند، عالم برزخ و عالم مثال را می‌بیند.»
یکی از مشکلاتی که نقل گرایان افراطی و جریان مقابل معتزله در طول تاریخ گرفتار آن شدند، برداشت‌های سطحی و ظاهری از متون و نصوص بوده؛ در حالی که عقل‌گرایی و تأملات فلسفی می‌تواند دین پژوه را از چنین دام‌هایی برهاند. امام (ره) در تفسیر خود از آیات قرآن، بار‌ها به اشارات فلسفی روی می‌آورند تا تفسیر عقلانی خود را از موضوعات ارائه نمایند. به عنوان مثال جریان ظاهرگرایی در دین، از عباراتی، چون «یدالله مغلوله» و «جاء ربک» تأویل به تجسم خدا - العیاذبالله- می‌نمایند و حال آن که امام با استدلال فلسفی اثبات می‌کنند که تجسم خداوند عقلاً محال است. این رویکرد فلسفی به قرآن در حالی است که اساساً ایشان ریشه مباحث فلسفی را نیز نه در فلسفه‌های باستانی و نه در فلسفه یونان بلکه در معارف دینی و بالاخص قرآن می‌دانند. ایشان قرآن را مبدأ همه علوم می‌دانند و تصریح می‌نمایند: «قرآن سرچشمه همه چیز است. از عرفان و فلسفه گرفته تا ادب، سیاست و... پس بی‌خبران نگویند عرفان و فلسفه بافته‌هایی بیش نیست.»
علاوه بر علم تفسیر، نمونه‌های زیادی وجود دارد که امام (ره) با نگاهی فلسفی به حل مسائل کلامی و اصولی شیعی نیز پرداخته‌اند، لذا فلسفه در علوم دینی کاربرد دارد و حضرت امام دقیقاً با همین رویکرد، فلسفه را ارجمند می‌دارند.
نکته مهم در این میان، اما پرهیز از التقاط میان این چند بُعد است. درهم تنیدگی مباحث عرفانی، قرآنی و فلسفی طی ادوار گاه سبب شده است تا روش شناسی یکی از این‌ها برای دیگری به کار رود و نتیجه‌گیری‌هایی فاقد ارزش شناختی جدی به دست دهد. امام خمینی (ره) به این نکته نیک آگاهند و از همین رو به برخی عرفا که برای توجیه مقولات عرفانی از ادله فلسفی استفاده می‌کنند، خرده می‌گیرند: «عارفی که مطالب عرفانی را استدلالی می‌کند، هم با عرفان محض مخالفت کرده و هم با فلسفه محض. هر کس باید مرام خاص خود را پیش‌گیرد و آن را با چیز دیگر خلط نکند.»
