پيشواي پنجم شيعيان كه از دو سو فاطمي و علوي بود در سوم صفر سال 57 هجري در مدينه متولد شد. مادرش ام عبدالله دختر امام مجتبي(ع) است. نوه گرامي امام حسين(ع) در واقعه كربلا چهار ساله بود.
پس از آن 34 سال با پدر بزرگوارش زندگي كرد و در سال 95 هجري عهده‌دار امامت گرديد كه اين دوران 19 سال به طول انجاميد. در اين دوران با پنج خليفه اموي وليد بن عبدالملك، سليمان بن عبدالملك، عمر بن عبدالعزيز، يزيدبن عبدالملك و هشام بن عبدالملك معاصر بود. در اين ميان فقط عمربن عبد العزيز تا حدودي با ديگر خلفاي اموي متفاوت بود تا جايي كه لقب نجيب بني اميه را به او دادند. اما هشام كه مقتدرترين خليفه اموي لقب گرفته بسيار با شيعيان دشمني مي‌كرد و در نامه‌اي به كارگزاران خود نوشت: نسبت به شيعيان سخت گرفته، آنان را تحت فشار قرار دهيد... خونشان را بريزيد و از حقوق عمومي محروم‌شان كنيد (الشيعه والحاكمون ص 114). در پي اتخاذ اين سياست خشن بود كه مورخان، عصر حكومت 13 ساله وي را از نظر سياسي دشوارترين دوران‌ها براي شيعيان ذكر كرده‌اند.
در چنين شرايطي امام باقر (ع) ناگزير بود براي حفظ شيعيان تقيه نمايد. البته حضرت در شرايط مناسب فعاليت‌هاي آشكار متعرضانه عليه حاكمان ستمگر هم داشته است. در همين رابطه از انقلابيون و كساني كه در برابر ستمگري‌هاي خلفا ايستادگي مي‌كردند، حمايت مي‌كرد. موضع آن حضرت در برابر برادرش زيد از اين جمله است. از جمله فرمود... و اما زيد فلساني الذي انطق به – اما زيد، زبان گوياي من است كه بدان وسيله (حق را) بيان مي‌كنم- امام به رغم جو استبدادي حاكم توانست نقش عظيمي در پايه‌گذاري و گسترش نهضت علمي و فرهنگي ايفا كند. نهضت علمي امام باقر (ع) در شرايطي تحقق يافت كه جمود فكري و دوري از معارف اسلامي سراسر جهان اسلام را فراگرفته بود. عالمان و فقيهان مشهور يا به دربار وابسته بودند يا به حوزه‌هاي فكري منحرف و سرگرم كننده كه بر مشكلات و سرگرداني مردم مي‌افزودند. حتي دانشمندان يهود و نصارا از خلأ موجود استفاده كرده وسعي در تزريق اعتقادات خود به جامعه مسلمانان داشتند. امام محمد باقر(ع) در چنين فضايي به احياي حديث و فقه ناب محمدي و گسترش آن در ميان مردم همت گماشتند. گفتني است از جمله حوادث تاسف بار فرهنگي كه پس از رحلت پيامبراعظم(ص) در جهان اسلام پديد آمد ممنوعيت نقل حديث از آن بزرگوار بود تا اينكه عمر بن عبدالعزيز طي بخشنامه‌اي از همه خواست تا احاديث پيامبر را جمع‌آوري و تدوين نمايند و بدين ترتيب پس از ركودي 100 ساله كه نقل و تدوين حديث ممنوع بود شاگردان پنجمين پيشواي شيعيان دهها هزار حديث از امام خود شنيدند.
ضمن آنكه امام در پيرايش احاديث موجود از جمله اسرائيليات و احاديث جعلي نيز تلاش فراواني كردند. در اين راه در گام نخست ياران خود را به حديث شناسي توصيه كرد و در گام دوم از آنان خواست احاديثي را كه مي‌شنوند به كتاب خدا عرضه كنند و در اين باره فرمود: زماني كه حديثي براي شما بيان مي‌كنم درباره كيفيت مطابقت آن با كتاب خدا از من بپرسيد. كاري كه امروزه نيز در بيان احاديث شديداً به آن محتاج هستيم تا احاديث واقعي را از جعليات تشخيص دهيم. امام‌باقر(ع) خود در گفتوگو با يارانش بيش از يكصد روايت را كه مردم آنها را صحيح مي‌پنداشتند برشمرده و همه آنها را دروغ و جعلي خواندند. تعداد شاگردان حضرت در منابع رجالي بيش از 460 نفر ذكر شده است. وثاقت برخي از آنان مثل ابان بن تغلب؛ سليمان بن مهران، عبدالملك بن عبدالعزيز و قاسم بن محمد از سوي شيعه و سني تأييد شده است. برخي از شاگردان امام مثل زراره، ابوبصير، محمدبن مسلم به جايگاه بلندي دست يافتند، به طوري كه امام صادق (ع) فرمود اگر آنان نبودند كسي از تعاليم دين بهره‌مند نمي‌شد.
مبارزات و فعاليت‌هاي متعرضانه امام و نفوذ روزافزون حضرت در ميان مردم و رو به فزوني نهادن پيروان مكتبش، خشم و كينه هشام بن عبد الملك را بيش از پيش برافروخت و تصميم به قتل حضرت گرفت. سرانجام در هفتم ذي حجه سال 114 هجري در حالي كه 57 سال از عمر شريفش مي‌گذشت به شهادت رسيد.
