شهيد آيتالله حسين غفاري در سال 1295ﻫ. ش در روستاي دهخوارقان تبريز (آذرشهر فعلي) در خانوادهاي كشاورز و تنگدست به دنيا آمد. در كودكي پدر را از دست داد و به ناچار براي اداره خانواده به كشاورزي و كارگري پرداخت. با تشويق دايياش حاج ميرزا حسن غفاري (دهخوارقاني) به تحصيل علوم حوزوي مشغول شد. مقدمات را از حاج شيخ علي و ميرزا محمد منطقي و سپس رسائل و مكاسب شيخ انصاري را نزد دايي ديگرش حاج سيد محمدحسن ميرغفاري آموخت.
در سال 1325ﻫ. ش و در سن 30 سالگي براي ادامه تحصيل به قم رفت و يازده سال از محضر آيات عظام حجت كوهكمرهاي، خوانساري، بروجردي و فيض كسب فيض كرد و نسبت به تمام آنان ارادت خاصي داشت و همواره با احترام و تكريم فراوان از آنان ياد ميكرد. در دوره تحصيل با آيتالله ميرزا عليمقدسي تبريزي صاحب هفتهنامه «الدين و الحيات» آشنا شد و بعدها دختر ايشان را به همسري برگزيد و زندگي محقرش را در يكي از فقيرنشينترين محلات قم به نام باغ پنبه آغاز كرد. شهيد آيتالله غفاري با گروههاي مختلف اجتماعي سروكار داشت و لذا از وضعيت نابسامان محرومين جامعه كه خود نيز يكي از آنها بود بهخوبي آگاهي داشت. وي در سالهاي قبل از 1341ﻫ. ش به عنوان تبليغ و ارشاد ديني، به آگاهسازي مردم در نقاط مختلف كشور نيز ميپرداخت.
همزمان با آغاز نهضت امام در سال 42، در مسجد الهادي كه امامت آن را به عهده داشت، عليه لايحه انجمنهاي ايالتي و ولايتي سخنراني و همراه با ديگر علماي آگاه اعلاميههايي را امضا، چاپ و توزيع كرد. او پس از فاجعه مدرسه فيضيه قم و مدرسه طالبيه تبريز در فروردين 42، سخنرانيهاي تندي را ايراد كرد و در ديماه 1343، دو روز پس از سخنراني در مسجد خاتمالاوصياء دستگير و زنداني شد. او در زندان نيز دست از تبليغ برنداشت و همراه با مطالعه، ساعاتي را هم به تدريس نهجالبلاغه، قرآن، فقه و تاريخ به زندانيهاي مشتاق اختصاص داد. وي در سالهايي كه كمتر كسي جرئت مخالفت با رژيم ستمشاهي را داشت به عنوان بازوي پرتوان امام خميني همواره در ميدان مبارزه بود. اجداد او نيز افراد مبارزي بودند و او از نوادگان حاج ملامحسن از شخصيتهاي علمي و ديني آذرشهر بود كه توسط روسها به شهادت رسيد. گفته ميشود هفت تن از اجداد مادري شهيد غفاري در مبارزه با بيگانگان شهيد شدهاند و آرامگاه همه آنها در مسجد حسنلوي آذرشهر است. شايد بتوان گفت جسارت و شهامت مثال زدني شهيد غفاري در آن دوران اختناق و فشار ريشه در چنين فداكاريهايي دارد.
او در اين راه لحظهاي از پا ننشست و بارها به زندان افتاد، از جمله پس از دستگيري امام در شب 14 خرداد 42 كه به همراه 80 تن از روحانيون دستگير شد و 40 روز در زندان بود. او پس از آزادي به علمايي كه از سراسر ايران به شهرري آمده و در حمايت از آزادي امام خميني تجمع كرده بودند، پيوست و تلگرافي براي آيتالله طالقاني، مهندس بازرگان و دكتر سحابي فرستاد كه منجر به دستگيري مجدد او در 4 بهمن 43 به جرم ضديت عليه امنيت كشور شد و طبق حكم دادستاني ارتش تا 15 فروردين 44 در زندان بود. در مرداد سال 45 از مرحوم فلسفي براي سخنراني در مسجد الهادي دعوت كرد و ساواك از اين سخنراني و برگزاركننده آن گزارش مفصلي تهيه كرد. شهيد غفاري خود نيز به مناسبتهاي گوناگون به ايراد سخنراني ميپرداخت و دستگير ميشد. سرانجام در تير سال 53، ساواك براي آخرين بار وي را دستگير كرد و ضمن بازرسي منزلش به اعلاميههاي فراواني دست يافت و تحت بازجوييهاي گوناگون قرار گرفت تا كيفيت و ميزان ارتباط او با امام مشخص شود. رژيم شاه براي دستيابي به اطلاعات مورد نظر خود از هيچ فشار و شكنجهاي خودداري نكرد و سرانجام او را در شش دي 1353 به شهادت رساند. خبر شهادت آيتالله غفاري موج عظيمي را در ميان مبارزان به راه انداخت، بهطوري كه رژيم ناچار شد پيكر او را شبانه به قم بفرستد، اما طلاب و مردم قم از موضوع مطلع شدند و تشييع جنازه باشكوهي را براي او برگزار كردند. در آن مراسم براي نخستين بار شعارهايي عليه حكومت داده شد و عدهاي از طلاب دستگير شدند. چند روز بعد آيتالله گلپايگاني مجلس ختم باشكوهي را براي شهيد غفاري در مسجد اعظم قم برگزار كرد.